Program Magister Arsitektur Universitas Atma Jaya Yogyakarta bertujuan untuk memberikan bekal pendidikan kepada mahasiswa agar dapat menjadi lulusan yang mampu mengembangkan pengetahuan, teknologi dan seni dalam wujud karya kreatif dan teruji dalam bidang perencanaan & perancangan arsitektur berbasis riset dan teknologi digital yang berwawasan Hamemayu Hayuning Bawana, mampu memecahkan masalah dalam kehidupan masyarakat melalu pendekatan inter dan multi disiplin, mampu mengelola dan mengembangkan riset dan jaringan riset yang bermanfaat bagi masyarakat dan ilmu pengetahuan serta mendapat pengakuan nasional dan internasional, serta memiliki sifat unggul, inklusif, humanis dan berintegritas.